Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) adalah kegiatan sistemik penjaminan mutu pendidikan tinggi oleh setiap perguruan tinggi secara otonom untuk mengendalikan dan meningkatkan penyelenggaraan pendidikan tinggi secara berencana dan berkelanjutan. SPMI diselenggarakan berlandaskan UU No. 20 Tahun 2003 Tentang Sistem Pendidikan Nasional, UU No. 12 Tahun 2012 Tentang Pendidikan Tinggi (UU Dikti) dan Permenristekdikti No. 62 Tahun 2016 Tentang Sistem Penjaminan Mutu Pendidikan Tnggi (SPM Dikti). Pelaksanaan SPMI di STIKES Bina Usada Bali diselenggarakan dan dikawal oleh Lembaga Penjaminan Mutu (LPM).
LPM adalah lembaga independen yang bertugas membantu Ketua STIKES Bina Usada Bali melakukan penjaminan mutu pendidikan secara bertahap, sistematis dan terencana dalam suatu program penjaminan mutu yang memiliki target dalam kerangka waktu yang jelas. Dalam menjalankan fungsinya sebagai pengawal mutu, maka LPM berusaha menjalankan siklus sistem penjaminan mutu internal. Berikut adalah struktur organisasi LPM: